A história de Papanduva começou em meados do século XVIII, quando os tropeiros gaúchos, viajando pelo famoso “Caminho das Tropas”, levavam o gado do Rio Grande do Sul até a Feira de Sorocaba, em São Paulo e preferiam a região de Papanduva como um de seus pontos de pouso, e aí paravam para acampar, descansar e dormir. Uma das coisas que motivaram esta preferência era a existência no local da pastagem denominada papuã, um capim da espécie Brachiaria plantagínea, gramínea com bom teor de proteína e alta digestibilidade, que auxiliava na recuperação do gado desgastado pela viagem. Por este motivo o município foi denominado Papanduva, nome indígena originário da junção do nome do capim papuã com o sufixo duva que significa muito.
Por volta de 1828, os primeiros moradores, procedentes do Paraná estabeleceram-se no município, dedicando-se a economia da pecuária, da agricultura de subsistência e principalmente do extrativismo da erva-mate. Sabe-se que entre os pioneiros estavam: Antônio Bueno, Francisco Torquato, Manoel Amora, Ladislau Tabalipa, famílias Haas, Mendes, Lisboa, Almeida, Furtado e Prestes. Mas a colonização, propriamente dita, começou em torno de 1880, com os imigrantes ucranianos e poloneses, que trouxeram em sua bagagem, além das misérias da guerra, grande vontade de ficar e vencer.
Papanduva, assim como toda a região do planalto norte catarinense sofreu com a questão da Guerra do Contestado. Dentre as figuras ilustres da Guerra, o Monge João Maria que também andou por Papanduva e deixou para a história muitos mitos e tradições. Em seu caminho, plantou pinheiros, benzeu nascentes e ensinou crendices. Os caboclos da região acreditavam receber mensagens do Monge, mesmo anos após a sua morte. Acreditavam também que a reencarnação do ermitão liderou os jagunços e os conduziu em uma batalha sangrenta que em nada ajudou nas conquistas confusas a que se dedicaram. Mas com o passar dos anos, somente suas mensagens de verdade e fé permaneceram entre seus seguidores. Ainda hoje, o povo cultua as Passagens do Monge João Maria e atribui a ele suas curas.
A partir da metade do século XX, japoneses trouxeram novas técnicas de plantio e uma notável cultura exótica. De geração em geração, a pluralidade cultural se fez presente, tanto na gastronomia variada, que, adaptou-se ao clima e às misturas, como nas tradições e nos folclores.
Hoje Papanduva cresce sem perder suas culturas simples e plurais. Preserva seus rios e nascentes, preserva hábitos, cultua costumes e lendas. Com 727 Km², as áreas rurais equivalem a 90% da geografia do município e a agricultura garante 48% da economia papanduvense, compensando grandes investimentos que buscam novas técnicas de lavouras, sem abandonar o equilíbrio agroecológico.
Papanduva oferece aos turistas, além de sua geografia exuberante, das águas cristalinas, dos caminhos pitorescos, da gastronomia variada, os históricos pontos do Contestado e dos Tropeiros e, a simpatia e hospitalidade de seus habitantes.
No início da povoação, Papanduva era distrito do município de Canoinhas – SC, a Lei Estadual nº 133, de 30 de dezembro de 1953, eleva o distrito à categoria de município. A nova comuna (cidade emancipada) foi instalada em 11 de abril de 1954.